房屋總樓層愈高，相較透天厝或是一般平房的房屋稅稅負愈重，房屋稅繳越多。房屋稅計算基礎為房屋現值，影響房屋現值的要素包括房屋標準單價、折舊與路段率，而大樓越高所使用的建材相較一般平房或是透天厝高，因此房屋總樓層越高房屋稅繳越多。
一般民眾常疑惑：透天房價普遍比公寓大廈高，但為何公寓大廈繳的房屋稅比透天厝高？
房屋現值是由房屋標準單價、折舊率、地段調整率等項目核算而來，而房屋總層數是影響房屋標準單價的重要因素之一，樓層數越高，房屋標準單價就越高，如果同路段、同面積的房屋，公寓大廈繳的房屋稅就比透天厝來得高。
財政部官員進一步舉例解釋，以興建五樓與興建15樓以上房屋來看，雖然建材都需要謹慎選擇安全性，但15樓以上的房屋耐震性就需要更加注意，在建材部分就會出現差異，房屋標準單價就會比一般平房來得高，因而墊高房屋稅稅負。
房屋標準單價是依房屋使用執照所載的構造、用途與樓層數等三項要件換算。其中，構造別區分為鋼骨造、鋼筋混泥土造、加強磚造、磚造等，一般以鋼骨造評價最高；用途別則分四類，包括國際觀光旅館、旅館、店舖及住宅、工廠，店舖及住宅的數量最多，評定單價以國際觀光旅館最高。
官員也說，公寓大廈建築通常有電梯設備，其電梯設備雖屬公共設施，但也要併入房屋稅籍課稅，原本標準單價就高，加上要分擔公共設施的房屋稅，因此房屋稅稅負比較高。但就不動產持有稅看，樓層數高的房屋，每層樓房的土地持分相對較小，地價稅反而較輕。現行房屋稅條例規定，房屋標準價格每三年重行評定一次。
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